CLB được thành lập với tên gọi Boston F.C. năm 1964 bởi các cựu nhân viên của Boston United, những người lo lắng khi vấn đề tài chính của đội bóng sẽ buộc họ thôi việc.[1] Đầu tiên CLB thi đấu ở Mayflower Sports Ground một vài thángs, trước khi chuyển đến sân vận động hiện tại ở Tattershall Road. Họ gia nhập Lincolnshire League, vô địch ngay trong mùa đầu tiên. Họ chuyển qua Central Alliance mùa tiếp đó, họ vẫn tiếp tục vô địch mà không thua trận nào. Năm 1966 họ gia nhập Eastern Counties League. Sau khi kết thúc ở vị trí thứ 6 ở mùa giải đầu tiên, CLB đứng thứ 2 từ dưới lên chung cuộc ở mùa giải 1967–68,[2] buộc họ phải lựa chọn lại. Tuy nhiên, do CLB nằm ở phía bắc ranh giới địa lý của liên đoàn nên họ rút lui và thay vào đó gia nhập Midland League.

CLB vô địch Midland League mùa 1974–75, và mùa giải 1976–77 lần đầu tiên và duy nhất trong lịch sử đến vòng 1 của FA Cup, và thua Barnsley 3-1. Họ vô địch giải đấu lần nữa vào 2 mùa giải 1979–80 và 1980–81, năm 1982 là thành viên của Northern Counties East Football League khi Midland League sáp nhập với Yorkshire League. Sau khi kết thúc ở cuối bảng xếp hạng mùa giải 1986–87 họ chuyển xuống Supreme Division của Central Midlands League. Đội bóng vô địch CML mùa 1988–89, và cho dù đứng thứ 9 chung cuộc mùa giải 1990–91, họ vẫn được chấp nhận thăng hạng lên Premier Division của United Counties League. Mùa giải 1993–94 họ vào đến bán kết của FA Vase, nhưng thua 2–0 sau 2 lượt trận đối đầu với Taunton Town. Năm 1994 đội bóng đổi tên thành Boston Town và vô địch trong mùa giải đầu tiên mang cái tên mới.[3] Họ vô địch UCL lần thứ hai ở mùa 2000–01. Họ vô địch UCL League Cup mùa 2003–04 và một lần nữa ở mùa giải 2006–07.